最近，国务院办公厅印发《关于促进社会办医加快发展若干政策措施的通知》（国办发〔2015〕45号），要求落实医疗机构税收政策，鼓励和引导社会资本举办医疗机构。目前，我国公立医疗机构都是非营利性，非公立医疗机构即社会资本所办医疗机构包括营利性和非营利性两类，相应的税收政策适用也应有所区分。
　　
　　共性
　　
　　●营业税
　　
　　营业税暂行条例第八条第（三）款规定，医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务免征营业税。
　　
　　提示：1.自2009年1月1日起，医疗机构（包括营利性、非营利性的公立、民营、个体以及部队医疗机构）不再区分营利性和非营利性医疗机构，对其取得的医疗服务收入均免征营业税，不受价格期限的限制。
　　
　　2.对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收。
　　
　　●个人所得税
　　
　　《财政部、国家税务总局关于医疗机构有关个人所得税政策问题的通知》（财税〔2003〕109号）规定，《财政部、国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税〔2000〕42号）规定的对非营利的医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入免征各项税收，仅指机构自身的各项税收，不包括个人从医疗机构取得所得应纳的个人所得税。按照个人所得税法的规定，个人取得应税所得，应依法缴纳个人所得税。个人因在医疗机构（包括营利性医疗机构和非营利性医疗机构）任职而取得的所得，依据个人所得税法的规定，应按照“工资、薪金所得”应税项目计征个人所得税。
　　
　　●税务登记
　　
　　无论营利性与非营利性医疗机构均应依法办理税务登记。国办发〔2015〕45号文件规定，社会资本可按照经营目的，自主申办营利性或非营利性医疗机构。卫生、民政、工商、税务等相关部门要依法登记，分类管理。
　　
　　税收征管法实施细则第十二条规定，从事生产、经营的纳税人应当自领取营业执照之日起30日内，向生产、经营地或者纳税义务发生地的主管税务机关申报办理税务登记，如实填写税务登记表，并按照税务机关的要求提供有关证件、资料。前款规定以外的纳税人，除国家机关和个人外，应当自纳税义务发生之日起30日内，持有关证件向所在地的主管税务机关申报办理税务登记。
　　
　　发票管理办法第十五条规定，需要领购发票的单位和个人，应当持税务登记证件、经办人身份证明、按照国务院税务主管部门规定式样制作的发票专用章的印模，向主管税务机关办理发票领购手续。
　　
　　税收征管法实施细则第十八条规定，除按照规定不需要发给税务登记证件的外，纳税人办理包括申请减税、免税、退税和领购发票等事项时，必须持税务登记证件。
　　
　　税务登记管理办法第九条规定，纳税人办理开立银行账户和领购发票事项时，必须提供税务登记证件，纳税人办理其他税务事项时，应当出示税务登记证件，经税务机关核准相关信息后办理手续。
　　
　　差异
　　
　　●优惠规定
　　
　　1.非营利性医疗机构
　　
　　增值税：对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税；非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
　　
　　房产税、土地使用税、车船使用税：对符合规定的社会办非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
　　
　　企业所得税：社会办医疗机构按照企业所得税法规定，经认定为非营利组织的，对其提供的医疗服务等符合条件的收入免征企业所得税；企业、个人通过公益性社会团体或者县级以上人民政府及其部门对社会办非营利性医疗机构的捐赠，按照税法规定予以税前扣除。
　　
　　提示：根据企业所得税法第二十六条及其实施条例第八十四条、《财政部、国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2014〕13号）和《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税〔2009〕122号）的规定，符合免税收入范围的收入，免于征收企业所得税。对于未经过免税资格认定的，其取得的全部收入，或虽经过免税资格认定，但其取得的收入不符合免税收入条件的，均应计征企业所得税。
　　
　　2.营利性医疗机构
　　
　　优惠规定：对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收。为支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予优惠，即对其自产自用的制剂免征增值税；对符合规定的社会办营利性医疗机构自用的房产、土地，自其取得执业登记之日起，3年内免征房产税、城镇土地使用税。
　　
　　一般规定：对营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收；营利性医疗机构按国家规定缴纳企业所得税。
　　
　　●发票使用管理
　　
　　营业性医疗机构与非营利性医疗机构分类使用收费票据。
　　
　　国办发〔2015〕45号文件规定，规范各类医疗收费票据，非营利性医疗机构使用统一的医疗收费票据，营利性医疗机构使用符合规定的发票，均可作为医疗保险基金支付凭证，细化不同性质医疗机构收费和票据使用与医保基金的结算办法。
　　
　　《国务院办公厅转发发展改革委卫生部等部门关于进一步鼓励和引导社会资本举办医疗机构意见的通知》（国办发〔2010〕58号）规定，非公立医疗机构要严格按照登记的经营性质开展经营活动，使用税务部门监制的符合医疗卫生行业特点的票据，执行国家规定的财务会计制度，依法进行会计核算和财务管理，并接受相关部门的监督检查。
　　
　　《国家税务总局关于医院收费使用凭证问题的批复》（国税函发〔1995〕575号）规定，医院、诊所和其他医疗机构提供医疗服务收取费用所使用的各种收费凭证属于发票范畴，其具体管理方式和管理办法，由各地税务机关根据本地实际情况确定。
　　
　　《财政部、卫生部关于印发〈医疗收费票据使用管理办法〉的通知》（财综〔2012〕73号）规定，医疗收费票据，指非营利性医疗卫生机构为门诊、急诊、急救、住院、体检等患者提供医疗服务取得医疗收入时开具的收款凭证。本办法所称医疗机构，包括公立医疗卫生机构和其他非营利性医疗机构。
　　
　　提示：非营利性医疗卫生机构可使用财综〔2012〕73号文件规定的医疗收费票据包括医疗门诊收费票据、医疗住院收费票据（包括手工和机打两种）。而营利性医疗机构则须使用税务部门监制的医疗收费专用发票。
　　
　　操作提示
　　
　　享受减免税，应依法履行减免税核准与备案手续。《国家税务总局发布〈税收减免管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第43号，简称新办法）自2015年8月1日起施行，减免税分为核准类和备案类，《税收减免税管理办法（试行）》（国税发〔2005〕129号，简称旧办法）同时废止。
　　
　　1.对于核准或报批类减免，新旧办法均明确，未按规定申请或虽申请但未经有批准权限的税务机关核准确认的，纳税人不得享受减免税。
　　
　　2.对于备案类减免，旧办法规定，纳税人享受备案类减免税，应提请备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行。纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。新办法规定，纳税人享受备案类减免税，应当具备相应的减免税资质，并履行规定的备案手续。纳税人可在首次享受减免税的申报阶段在纳税申报表中附列或附送材料进行备案，也可在申报征期后的其他规定期限内提交报备资料进行备案。
　　
　　3.新办法规定，无论是核准类减免税和备案类减免税，纳税人对报送材料的真实性和合法性承担责任。纳税人享受核准类或备案类减免税的，对符合政策规定条件的材料有留存备查的义务。纳税人在税务机关后续管理中不能提供相关印证材料的，不得继续享受税收减免，追缴已享受的减免税款，并依照税收征管法的有关规定处理。
　　
　　4.社会办医疗机构应对上述新旧文件的适用条件对照分析、理解适用，并结合《国家税务总局关于企业所得税减免税管理问题的通知》（国税发〔2008〕111号）、《国家税务总局关于企业所得税税收优惠管理问题的补充通知》（国税函〔2009〕255号）的相关规定参照执行。