一、如果分公司与总公司由同一税务机关管理，税务机关对于分公司采用备案制，分公司无法取得自己单独的税务登记证。因而无法自己开具发票。如果分公司可以自己取得税务登记证，由于不动产发票的购领需要提供房屋预售证与规划许可证，经过与税务机关的沟通，常规情况下，提供总公司的预售证与规划许可证是无法领购分公司抬头的发票。

因而，税法专家认为，常规情况下，由于项目立项、规划、施工、预售都是总公司的抬头，是无法以分公司名义开具发票对外经营。只能以总公司名义购领发票对外销售。

二、分公司对外支付成本费用，取得分公司抬头的票据，企业所得税是明确的，不存在税务风险。但是土地增值税对于这种问题没有明确的规定，土地增值税以立项或者规划分期作为清算单位，而立项人与规划人都是总公司，因而总公司是土地增值税清算人，这时发票是分公司存在着瑕疵。由于土地增值税涉税金额巨大，目前经过与多位税务实操官员的沟通，部分认同可以参照企业所得税的规定，而部分则提醒存在着不确定性的税务风险。

如果收入以总公司名义开票确认，成本取得分公司抬头发票，这种情况需要个案处理存在很大的不确定性。

因而综上所述，如果土地增值税风险可以提前沟通明确，则可以以分公司支付成本取得发票。否则，则应以总公司的名义进行运作，以总公司的名义开具多个帐号、制作多个合同专用章或者多个公章，并以数字进行标识，以划清内部的权利与义务。仅项目开发业务不需要成立分公司进行运作。项目开发外的业务可以通过分公司的名义运作。